Dopo Vathý è la volta di Pythagório. Com'è facilmente intuibile, la località deve il suo nome a Pitagora, matematico e filosofo nativo dell'isola. Una statua davanti il molo dei pescatori ricorda l'illustre avo, inventore di un importantissimo teorema, tuttora studiato in ogni parte del mondo. E, proprio la statua di Pitagora, assieme al porto (alle cui spalle sono sorti locali, bar e negozi), sono due tra i punti di maggior interesse del paese. Pythagório, infatti, pur contando solo 1300 abitanti, è la prima destinazione turistica di Samos. Tantissimi i posti letto, anche se, come già ribadito in apertura, non ci sono grandi strutture alberghiere. Piuttosto esiste una ricettività diffusa in grado di venire incontro alle più disparate esigenze dei visitatori a partire, ovviamente, dal budget disponibile. Non manca, anche qui, un Museo archeologico la cui visita può essere abbinata a quella del Castello di Loghotetis e al Monastero di Panagia Spiliani. Il primo è una fortezza difensiva a pochi metri sul livello del mare e a ridosso del centro storico cittadino. A volerne l'edificazione, nel 1822, fu l'allora capo dei ribelli di Samos alle prese con la guerra di liberazione dai turchi. Panagia Spiliani, invece, è un piccolo monastero con una chiesa in comune alle confessioni cattolica e ortodossa. Poco distante, una suggestiva grotta naturale pure questa da secoli adibita a luogo di culto. Soprattutto, Panagia Spiliani è un luogo panoramicissimo con una vista che abbraccia la città, il mare e l'aeroporto di Samos, distante appena 4 chilometri dal paese. Non è finita, perché all'appello manca l'acquedotto di Eupalino, opera ingegneristica risalente al 550 a. C. con cui venne risolto il problema della carenza idrica in relazione allo sviluppo urbanistico del territorio. Quest'acquedotto, interamente scavato nella collina Kastelli (dove si trova il Castello di Loghotetis), venne realizzato secondo tecniche all'avanguardia per l'epoca. Basti pensare che per convogliare le acque provenienti da una sorgente all'esterno delle mura cittadine, fu necessario inserire nel tunnel oltre 4000 tubature d'argilla (l'acquedotto di Eupalino non è sempre visitabile, accertarsi sul posto dell'apertura).